Muzeum posiada niewielki zbiór sztandarów i chorągwi. Są to:
przekazany przez Henryka Musielaka z Francji Sztandar Bractwa Różańca
Świętego założonego dnia 24 kwietnia 1924 r. w Auberchicourt,
chorągiew 32 Harcerskiej Drużyny Łącznościowej im. gen. Władysława Sikorskiego
chorągiew ufundowaną i ofiarowaną 25 lutego 1923 r. przez Kongregację
Maryańską Polskich Młodzieńców w Freisenbruch Towarzystwu Młodzieży
"Naprzód" przy Parafii Serca Jezusowego założonemu w 1912 r.,
ofiarowaną przez proboszcza jednej z podbydgoskich parafii.